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(八)疾病控制处(省爱国卫生运动委员会办公室)
研究拟定传染病、地方病、慢性非传染性疾病及与公共卫生相关疾病的防治规划和措施；依法组织对重大传染病、地方病的综合防治；组织全省卫生技术力量，对重大突发疫情、病情实施紧急处置，防止和控制疫情、疾病的发生、蔓延；协调并指导健康教育工作。承担省爱国卫生运动委员会的日常工作。
(九)科技教育处
研究拟定卫生科技和医学教育发展规划、政策；指导卫生科技攻关、重点学科建设、卫生科技成果的转化、普及和应用工作；指导和协调医学教育工作；综合协调管理卫生专业技术岗位培训工作；管理非独立的医学科研机构及集体、个体医学科研机构。
(十)卫生应急办公室(突发公共卫生事件应急指挥中心)
负责组建突发公共卫生事件监测和预警系统，统一指挥和协调应急处理工作；制定突发公共卫生事件应急预案，组织预案培训和演练，培训公共卫生和医疗救助专业人员，指导各地实施突发公共卫生事件预案，帮助和指导各地应对其他经常性突发事件的伤病救治工作。
（十一）农村卫生处
研究拟定农村卫生事业发展的政策建议，指导农村卫生服务工作；开展农村医疗保障制度改革试点，总结并推广各地经验，推进全省新型农村合作医疗制度的建立；加强农村公共卫生基础设施建设和农村卫生人才培养，协调开展农村健康教育与健康促进活动；参与研究拟定卫生支农和卫牛扶贫等相关政策规划，监督指导各地贯彻落实农村工作的有关政策。
(十二)保健办公室
负责省管保健对象以及国家领导人和重要外宾在辽宁期间的医疗保健工作。
(十三)人事处
指导全省卫生系统医务人员及行政干部队伍建设工作；承办并指导机关、直属单位人事、劳动工资和机构编制的管理工作；在卫生部和省人事厅的指导下，负责组织全省卫生系统高级专业技术职称的评审和中初级专业技术职称的考试工作；承办直属单位领导班子和机关干部的考核任免工作。
(十四) 纪检组、监察处
纪检组、监察处合署办公，负责纪检和行政监察工作。
(十五)老干部处
负责厅机关及厅直单位离退休老干部的各项工作。
(十六)机关党委
负责厅机关及直属单位的党群工作。
一、许可项目
省卫生厅依法实施的行政许可项目共40项，其中涉及食品卫生的3项，饮用水安全卫生的1项，化妆品卫生的1项，职业病防治的6项，医疗服务的11项，传染病防治的4项，公共场所的2项，母婴保健的5项，计划生育技术服务的2项，采供血的3项，人类辅助生殖技术服务的1项，中医药科研成果推广的1项。
二、许可程序
1、许可申请人到省卫生厅行政许可办理大厅提交申请材料。
2、省卫生厅对申请人提交的申请材料进行审查。对申请事项依法不需要取得行政许可的，及时告知申请人不受理；对申请事项不属于本机关职权范围的，及时作出不予受理的决定，并告知申请人向有关行政机关申请；对申请材料不齐全或者不符合法定形式的，当场或者在五日内一次告知申请人需要补正的全部内容；对申请事项属于本行政机关职权范围，申请材料齐全、符合法定形式，或者申请人按照本行政机关的要求提交全部补正申请材料的，对其申请事项实施受理。
对受理或者不予受理行政许可申请的，出具《行政许可申请受理通知书》或《行政许可申请不予受理通知书》。
3、省卫生厅对申请事项受理后，分别按照下列程序作出决定：
一般程序：根据法定条件和程序，需要对申请材料的实质内容进行核实的，及时指派两名以上工作人员进行现场核查。对依法需要对申请事项进行检验、检测、检疫的，应当自受理申请之日起5日内指派两名以上工作人员进行检验、检测、检疫，并书面告知检验、检测、检疫所需期限。对符合法定条件的申请事项，自收到申请之日起20日或30日内（检验、检测、检疫所需期限不计入在内），作出准予许可的决定，发给《准予行政许可决定书》或其他行政许可证件；对不符合法定条件的申请事项，自收到申请之日起20日或30日内，作出不予行政许可的决定，并说明理由和告知申请人享有依法申请行政复议或者提起行政诉讼的权利，发给《不予行政许可决定书》。
陈述、申辩和听证程序：一是对直接关系他人重大利益的行政许可事项，告知利害关系人，并充分听取申请人、利害关系人的陈述和申辩后，依据具体情况再按照一般程序作出决定。二是法律、法规、规章规定实施行政许可应当听证的事项，或者行政机关认为需要听证的其他涉及公共利益的重大行政许可事项，省卫生厅向社会公告，并举行听证后，依据具体情况再按照一般程序作出决定。
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